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L'appariement Hoogsteen est un type d'appariement canonique impliquant les purines, observé dans les acides nucléiques. Les liaisons hydrogène dans les paires Hoogsteen impliquent une face de la purine différente de la face Watson-Crick et en particulier les positions N7 et le groupement oxo ou amino en position 6. On distingue deux types d'appariements Hoogsteen, en fonction de l'orientation de la pyrimidine par rapport à la purine :la paire Hoogsteen directe, où les deux sucres sont du même côté de l'axe de la paire de base la paire Hoogsteen inverse (reverse-Hoogsteen), où les deux sucres sont situés de part et d'autre de l'axe de la paire de base.
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