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L'évolution expérimentale est une branche de la biologie de l'évolution qui étudie les dynamiques de l'évolution par des expériences ou des manipulations contrôlées sur le terrain ou en laboratoire. L'évolution peut être observée en laboratoire car les populations s'adaptent à de nouvelles conditions environnementales et/ou subissent des changements à cause de processus stochastiques (aléatoires) tels que la dérive génétique. À l'aide d'outils moléculaires modernes, il est possible d'identifier les mutations sur lesquelles la sélection agit et ce qui a provoqué des adaptations, et de comprendre comment ces mutations fonctionnent exactement. À cause du fait qu'un grand nombre de générations est requis pour que l'adaptation ait lieu, l'évolution expérimentale est généralement mise en place avec des micro-organismes tels les bactéries, les levures ou les virus, ou d'autres organismes ayant des taux de génération élevés. Cependant, les études de laboratoire sur des renards et des rongeurs ont montré que des adaptations remarquables peuvent avoir lieu en seulement 10-20 générations, et des expériences avec des guppies ont permis d'observer des adaptations survenues en des nombres de générations comparables. Plus récemment, des individus ou des populations ayant subi une évolution expérimentale sont souvent analysés grâce au séquençage intégral des génomes, une approche connue sous le nom de Evolve and Resequence (E&R).
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