K-mer

Un k-mère est une sous-chaîne de longueur k d'une chaîne de caractères plus grande. En génomique computationnelle, les k-mères sont les sous-séquences résultant d'une lecture par séquençage de l'ADN. Étant donné une chaîne de caractères de longueur L, le nombre de k-mères possibles est L−k+1, tandis que le nombre de k-mères étant donné n possibilités est nk. Les k-mères sont généralement utilisés lors de l'assemblage de séquences, mais peuvent également être utilisés dans l'alignement de la séquence. Dans le contexte du génome humain, les k-mères de différentes longueurs sont employés pour expliquer la variabilité du taux de mutation.

Texte : extrait de l'article Wikipédia « K-mère », sous licence CC BY-SA 4.0.